Баунтовский аймак Бурят-Монгольской АССР образован 3 октября 1925 года.
В октябре 1977 года Баунтовский аймак Бурятской АССР переименован в Баунтовский район.
20 июля 1989 рабочие посёлки Таксимо, Тоннельный и Северомуйск переданы из Баунтовского в Муйский район.
23 ноября 1989 года Витимский сельсовет передан из Еравнинского района в Баунтовский район.
Постановлением Верховного Совета Республики Бурятия от 29 октября 1992 года № 271-XII Баунтовский район преобразован в Баунтовский эвенкийский район Республики Бурятия.
